Анатолий Пахомов родился 27 августа 1971 года в столице Узбекистана – городе Ташкенте. Семья проживала в Чиланзарском квартале, который после землетрясения в 1966 году практически был отстроен заново, и жители любовно называли это место «Ташкентские Черемушки». В семь лет Анатолий стал учеником средней общеобразовательной школы № 183. В её стенах у него появились надежные товарищи и серьёзные увлечения. С одноклассниками Пахомов с удовольствием ходил в походы. Особенно его завораживали горы и конные путешествия. Без колебаний Анатолий выбрал традиционный вид спорта Узбекистана - конное троеборье. Анатолий Анатольевич Пахомов прошёл путь от юниора до мастера спорта олимпийского вида спорта – конного троеборья. Спортивные состязания, которые веками считались уделом военных, приучили его к строгой дисциплине, воспитали огромную выдержку и научили быть решительным.

В 1988 году А.А. Пахомов окончил полный курс средней школы №183 Чиланзарского района города Ташкента. В аттестате были только четверки и пятёрки. Семнадцатилетний выпускник решил посвятить себя авиации и поступил в Рижское лётно – техническое училище гражданской авиации. Прослушав полный курс учёбы в июне 1992 года защитил диплом и ему была присвоена квалификация «диспетчер управления движением воздушного транспорта».